二二八事件真相調查與責任歸屬之釐清是本基金會的法定職責，亦是推動轉型正義的重要工作，透過對過去歷史的重新檢討，不僅有助於臺灣內部的和諧，進而凝聚國人對自由、民主及人權的共識。
為鼓勵與二二八事件研究有關之單位或個人，基金會制訂『二二八事件教材著作及調查考證補助辦法』，依補助辦法獎勵從事有助瞭解二二八事件真相、撫平歷史傷痛，以及促進族群和諧與臺灣社會和平之教材、著作及調查考證等範圍所完成的作品（包含1.博、碩士論文；2.學術研究報告；3.圖書、有聲及影像出版品；4.二二八事件相關教學教材之推廣；5.音樂、美術、舞蹈、攝影、戲劇、建築之創作或展演），欲申請者，請備齊申請表、完成之作品8份、機關許可立案及法人登記證明等文件，於每年七月三十一日前送至基金會遞案申請。
二二八事件歷史教材編撰注意事項(86 年9月4日第24次董監事會議通過制定)：
一 、目標
(一)引導學生明瞭二二八事件之歷史過程，以增進對當時局勢之認識。
(二)引導學生明瞭二二八事件歷史悲劇之發生原因，以記取歷史教訓，珍視社會和平。
(三)引導學生思索社會祥和與族群融和之意義，以培養學生對社會、民族、國家的認同感與責任心。
二 、教材綱要
(一)政府遷台初期的時代背景
(二)二二八事件的發生原因
(三)事件之擴大與過程
(四)政府之肆應與事件之平復
(五)各地傷亡與受害情形
(六)事件平復後之救卹
(七)二二八事件對於台灣社會之影響
(八)政府近年來的慰撫補償善後措施
三 、教材編選要領
(一)教材之內容，應配合課程性質、教學時數及學生程度進行編寫。
(二)教材之編寫，務求段落分明，文句簡潔流暢，避免繁瑣枯燥的敘述。
(三)為加深學習印象，增進學習效果，教材中插圖的安排，應具有輔助說明之功用，避免呈現血腥、煽動之畫面。
(四)教材內容宜闡明史實真相，避免編選未經證實之傳聞，以及煽動式或情感性的分析。
(五)所述歷史過程，宜求精要詳實，避免過多人物和事件的堆砌。
(六)教材內容之編寫，如引用原始資料之文字時應註明出處，或於註釋中略加說明。
(七)教材書末應附二二八事件大事記。
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